知网查重时，脚注通常会被系统识别为文本的一部分，影响查重结果的准确性。为了去掉脚注干扰，可以采取以下方法：1.手动删除脚注：在文档编辑时，将脚注部分删除或转移到正文中；2.使用专业工具：一些文献查重软件提供去除脚注的功能，可以自动识别并排除脚注内容；3.调整查重设置：在进行查重时，调整设置排除脚注内容的干扰，提高查重结果的准确性。

另外，进行知网查重时，还应注意脚注的格式问题。确保脚注与正文格式一致，避免因格式不统一而导致查重结果出现偏差。同时，定期检查文献中的脚注内容，确保脚注信息的准确性和完整性，以免在查重过程中遗漏重要信息。通过合理处理脚注问题，可以提高文献查重的效率和准确性，确保研究成果的可信度和学术规范性。